სამსონ აფხაიძე დაიბადა 1871 წელს ქუთაისის გუბერნიის სოფელ ძუყნურში მღვდლის ოჯახში. წერა-კითხვა ოჯახში ისწავლა და შევიდა თბილისის სასულიერო სემინარიაში, რომელიც 1896 წელს დაამთავრა.
1897 წელს სამსონმა მონაწილეობა მიიღო რუსეთის იმპერიის მოსახლეობის საყოველთაო აღწერაში, რის გამოც ბრინჯაოს მედლით დააჯილდოვეს. 1898 წლის 25 იანვარს იმერეთის ეპისკოპოსმა ბესარიონმა (დადიანი) დიაკვნად აკურთხა, ამავე წლის თებერვალში მღვდლად დაასხა ხელი და მაქათუბნის წმინდა გიორგის ეკლესიაში განამწესა.
1900 წელს მამა სამსონი ვანის მთავარანგელოზთა ტაძარში გადაიყვანეს, ხოლო 1901 წლიდან რიონის ფერისცვალების ეკლესიაში. ამავე წელს მამა სამსონი რიონის სამრევლო-საეკლესიო სკოლის გამგედ და საღვთო სჯულის მასწავლებლად დაინიშნა და პარალელურად ოკრიბის ოლქის სამრევლო სკოლების სარევიზო კომიტეტის წევრად დაადგინეს.
1901-1911 წლებში მამა სამსონი იმერეთის საეპარქიო სხდომებს დეპუტატის სტატუსით ესწრებოდა. 1901 წელს რიონის სამრევლო-საეკლესიო სკოლის ახალი შენობის აღმშენებელი კომიტეტის წევრად აირჩიეს.
1903 წელს საგვერდულით დაჯილდოვდა. 1907 წლის 10 ოქტომბერს მთავარხუცესის თანაშემწის კანდიდატად დაადგინეს, ხოლო 1909 წელს სკუფია უბოძეს. ამავე წლის 18 ივლისიდან მთავარხუცესის თანაშემწე იყო.
1909 წლის 30 სექტემბერს მამა სამსონი ზარათის სკოლის საღვთო სჯული მასწავლებლად განამწესეს, ხოლო 1910 წლის 13 თებერვალს იმერეთის ეპარქიის სამღვდელოების 51-ე სხდომაზე, ეპისკოპოს გაბრიელის სახელობის ეპარქიალურ ქალთა სასწავლებლის საბჭოს წევრად აირჩიეს.
1911 წლის ივნისის თვიდან მამა სამსონი ოკრიბის ოლქის მთავარხუცესი იყო, ხოლო 1913 წელს რიონის ერთკლასიანი სამინისტრო სკოლის საღვთო სჯულის მასწავლებლად დაინიშნა და კიდევ სამი წლით აირჩიეს დეპუტატად.
1914 წელს კამილავკა ეწყალობა. მე-20 საუკუნის 10-იანი წლების ბოლოს მამა სამსონს დეკანოზის წოდება მიენიჭა.
1922 წლის ივნისში დეკანოზი სამსონი კიდევ იხსენიება მოქმედი სამღვდელოების რიგებში, ხოლო შემდეგ მისი ბედი უცნობია.
დეკანოზ სამსონ აფხაიძეს ჰყავდა მეუღლე ელპიდე ტიმოთეს ასული და შვილები: იოანე, ტიმოთე და ანგელინა.
